-El juego retoma la trama de la lucha entre el ejército ISA y el Imperio Helghast. El juego continúa los hechos de Killzone 2, poco después de que Sev y Rico derrotaran a Radec y mataran a Visari, el dictador Helghast, y las naves de los Helghast se dispusieran a eliminar a los soldados ISA.
La muerte de su dictador ha dejado el Imperio Helghast en un estado de lucha interna. Ahora, Sev y su compañero Rico se encuentran atrapados en el fuego cruzado entre las distintas facciones políticas sin ningún tipo de refuerzos y luchan con el fin de escapar del planeta Helgan.
La historia de Killzone 3 también será más alegre en comparación a su predecesor, la cual Guerrilla consideró como una historia demasiado oscura, por lo que fue una de las grandes quejas de su predecesor, aunque se mencionó que no sería demasiado sentimental, ya que sigue siendo una guerra. Por otra parte, Guerrilla ha contratado a un escritor externo para centrarse solo en escribir la historia a fin de darle una nueva perspectiva, así como la contratación de muchos más actores de Hollywood para elevar el nivel de la narración en el diálogo del juego.
Guerrilla Games también han mencionado que el juego de la historia será una parte integral del juego con el diálogo y el desarrollo del carácter de ser mejorado en gran medida de su predecesor. Por otra parte, Guerrilla también ha dicho que están limitando la toma de posesión en Killzone 3 , que muchos consideraron no era necesario en el diálogo de Killzone 2. Mencionó que el diálogo en el juego debe centrarse en el avance de la historia en lugar de "gratuita" toma de posesión.
